Vários anos depois de The Fruit of Grisaia... O que antes era a "Academia Mihama", um santuário para meninas, agora foi transformado em uma escola de treinamento da SORD (Organização Especial para Pesquisa e Desenvolvimento) dedicada a promover talentos para a defesa nacional. Rena e Maki são especialistas em armas de fogo, Tohka e Gumi são excelentes em atiradores de elite, Chris lida com explosivos e processamento de dados, e Murasaki é um ninja habilidoso para operações de inteligência. Juntos, eles assumem casos complexos demais para a polícia ou as Forças de Autodefesa, enfrentando repetidamente missões perigosas. Esta é a história dessas jovens, pintadas com sangue e pólvora.