Em um futuro próximo, uma elevação repentina e inexplicável do nível do mar deixou grande parte da civilização humana submersa. Ikaruga Natsuki, um garoto que perdeu a mãe e a perna em um acidente alguns anos antes, retorna desiludido de uma vida difícil na cidade grande e encontra sua antiga casa no campo meio engolida pelo mar. Deixado sem família, tudo o que ele tem em seu nome é o navio e o submarino deixados por sua avó oceanóloga e suas dívidas. Sua única esperança de restaurar os sonhos de futuro que perdeu é aproveitar uma oportunidade apresentada a ele pela suspeita cobradora de dívidas Catherine. Eles partem para vasculhar as ruínas submersas do laboratório de sua avó para encontrar um tesouro que, segundo rumores, ela deixou lá. Mas o que eles encontram não são riquezas ou joias; é uma garota estranha dormindo em um caixão no fundo do mar. Atri. Atri é um robô, mas sua aparência e sua riqueza de emoções enganariam qualquer um a pensar que ela é um ser humano vivo e respirante. Em gratidão por ter sido salva, ela faz uma declaração a Natsuki: "Quero cumprir a ordem final do meu mestre. Até que eu faça isso, serei sua perna!" Em uma pequena cidade que está sendo lentamente envolvida pelo oceano, um verão inesquecível está prestes a começar para esse garoto e essa misteriosa garota robô...