Shy cresceu um pouco depois de lutar contra os 'Amalareik', liderados pelo misterioso garoto Stigma. Quando ela retorna ao Japão, ela conhece uma garota chamada Ai Tennouji que fugiu de sua vila ninja. Ai diz a Shy que ela deixou a vila para perseguir um membro dos 'Amalareik'. Enquanto isso, ocorre um incidente em que Tóquio é subitamente envolvida em uma bola preta e desaparece. Os heróis são enviados para resgatar Tóquio.
