Situado numa história alternativa do Japão em 1931 e no 64º ano da era Meiji, o shogunato Tokugawa nunca foi abolido e o Imperador Meiji nunca foi restaurado ao poder. O anime segue as atividades de "Nue", uma organização de algozes do shogunato que fazem cumprir o governo. O país desenvolveu sua própria fonte de energia, a "veia do dragão", e alcançou um desenvolvimento único no qual a ciência e o período Edo se misturam. No entanto, por trás da glamorosa cidade, a organização dissidente Kuchinawa luta para derrubar a administração, enquanto os Nue do regime de Tokugawa, a quem foi confiada a sua exterminação, estão em conflito. Sawa Yukimura, cuja família foi morta quando ela era jovem, continua em busca de Janome, o carrasco dos Nue.